在centos中给jupyter安装IRkernel

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环境：

  • os: centos7
  • R: 3.4.2
  • jupyter: 4.4.0

坑预告

  • R中无法安装git2r, devtools
  • IRkernel::installspec()找不到jupyter

安装准备

确保下面这些工具已经被安装在系统中

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yum install gcc gcc-c++ gcc-gfortran pcre-devel tcl-devel zlib-devel bzip2-devel readline-devel libXt-devel tk-devel tetex-latex gnutls-devel.x86_64 libcurl libcurl-devel libxml2 libxml2-devel openssl openssl-devel

安装步骤

1.一定要sudo进入R

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sudo R

2.先试试git2r能不能安装成功

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install.packages("git2r")

不过不行的话，退出R, 在外边下载安装git2r

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git clone https://github.com/ropensci/git2r
sudu R CMD INSTALL git2r

3.在sudo回到R下，按照官网文档的步骤做。

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install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec(user = FALSE)

如果提示”jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec –version” exited with code 127.”。那么需要把已经安装好的jupyter链接到/usr/bin下，使R可以比较方便地找到jupyter

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sudo ln -s /home/pyy/tool/anaconda3/bin/jupyter /usr/bin/jupyter

“/home/pyy/tool/anaconda3/bin/jupyter”是我的jupyter的完整路径

结果

最后，打开jupyter-lab里就自动出现R kernel了

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